Здравствуйте, Марина!
Конечно же, нужно указывать её имя, данное при крещении. Если точно неизвестно, с каким именем крестили, но имя в паспорте православное — то указывать имя из паспорта.
У меня бабушка тоже была по паспорту Анастасия, крещена как Анастасия, а все родственники её почему-то звали Надя, Надежда. Возможно, такая была традиция в советское время.